Efter voldsomme protester i befolkningen mod en fortsættelse af samarbejds- og forhandlingspolitikken med den tyske besættelsesmagt, trådte den danske regering den 29. august 1943 tilbage. Tyskerne havde blandt andet stillet den danske regering overfor et krav om indførelse af dødsstraf for sabotage mod den tyske værnemagt. Efter den 29. august 1943 herskede der en form for krigstilstand i Danmark, og i efteråret 1943 sendte besættelsesmagten de første danske modstandsfolk til koncentrationslejre i Tyskland.
Under en forhandling med Dr. Werner Best - Det tyske Riges befuldmægtigede i Danmark - I januar 1944 foreslog Nils Svenningsen fra det danske udenrigsministerium, at der blev opført en lejr på dansk grund, hvor man kunne internere danske statsborgere. Formålet var at forhindre deportationer til Tyskland. I marts 1944 accepterede Dr. Werner Best dette, og en lejr med tyskerne som bygherre blev opført nær Padborg ved den dansk-tyske grænse.

De danske myndigheder, som betalte for opførelsen og driften af lejren, forsøgte yderligere at opnå tilsagn om, at allerede deporterede skulle føres tilbage til denne lejr. Dette så Dr. Werner Best positivt på, dog med undtagelse af jøderne.

Den 13. august 1944 ankom de første 741 fanger til Frøslevlejren. Det drejede sig om fanger fra Vestre Fængsel og Horserødlejren i Nordsjælland.

Som betegnelsen "Polizeigefangenenlager Frøslev" antyder, husede lejren det tyske Sikkerhedspolitis fanger, og dets chef i Danmark - Otto Borensiepen lagde retningslinierne for driften. Lejrens kommandoskab bestod af SS-personel, ganske som i en almindelig KZ-lejr, medens det var personel fra det tyske Ordnungspolizei som varetog den indre lejrledelse, først og fremmest opsynet med fangerne. Det der gjorde Frøslevlejren speciel i europæisk sammenhæng var "Den danske Forvaltning i Frøslevlejren": Det var lykkedes at overtale Dr. Werner Best til også at lade det danske fængselsvæsen sørge for fangernes forplejning og visse andre forsyninger.

Den danske Forvaltning blev placeret lige uden for det egentlige lejrområde. Inde i selve lejren var Den danske Forvaltnings hovedbastion lejrkøkkenet. Herved fik fangerne både rigelig og nærende kost. Lægger man dertil, at tortur, vold og drab stort set ikke forekom i Frøslevlejren, retfærdiggør det betegnelsen "Verdens mærkeligste KZ-lejr".

Ganske som i andre lejre ønskede tyskerne at fangerne fik et begrænset selvstyre. I Frøslevlejren fremelskede fangeselvstyret imidlertid aldrig det grusomme hierarki, som var så karakteristisk for KZ-lejrene. At det gik sådan, beroede på tre forhold: For det første var der aldrig mangel på fødevarer. For det andet var næsten alle såkaldte politiske fanger af samme nationalitet. Og endelig for det tredje, noget helt afgørende: Frøslevlejren lå i Danmark, hvor man havde en helt speciel besættelsespolitisk situation. Denne fandt i høj grad udtryk i den tyske administration af Frøslevlejren.

Fangeselvstyret opbyggede en uhyre effektiv organisation, som kom til at sidde på det meste af den praktiske drift. For alle fanger skulle arbejde. Frøslevlejren var bygget til ca. 1500 fanger, i marts 1945 nåede man som følge af evakueringen af nordiske KZ-fanger i Tyskland helt op på ca. 5.500 fanger. I alt passerede ca. 12.000 fanger lejren fra august 1944 til befrielsen den 4. maj 1945.

Den 11. september 1944 blev en af fangerne - Preben Pedersen - uden videre skudt af en tysk vagtpost. Den 15. september 1944 brød tyskerne selve grundlaget for lejrens oprettelse ved at deportere 195 fanger til KZ-lejre i Tyskland. Dette udløste proteststrejker over hele landet, begyndende ved jernbanepersonalet i Padborg og Kruså. Denne transport blev fulgt op af flere, således at ca. 1.600 fanger fra Frøslevlejren blev deporteret til Tyskland. Af dem døde ca. 225.

Alligevel må lejren set med danske øjne betragtes som en succes.

Efter tyskernes nederlag og kapitulation den 5. maj 1945 blev Frøslevlejren under navnet Faarhuslejren anvendt først som interneringslejr siden som straffelejr. Indtil fængselsvæsenet overtog den fulde drift af lejren, var det tidligere medlemmer af den danske fangeledelse i Frøslevlejren, som udgjorde kommandantskabet. Hovedparten af de indsatte i Faarhuslejren var medlemmer af det tyske mindretal i Nordslesvig. Den 15. oktober 1949 blev Faarhuslejren afviklet.

Den 16. oktober 1949 rykkede det danske militær ind i lejren, der nu blev omdøbt til Padborglejren. Da militæret rykkede ud i 1968 overtog Civilforsvaret lejren til udgangen af 1983.